cv

Biostatisticien indépendant expérimenté : consulting, formation et prise en charge d'études statistiques
code SM-01-201810-869 on epidemiologistes.enligne-fr.com en France

> 10 ans d'expérience en biostatistiques dans la recherche publique et l'industrie biotechnologique/pharmaceutique, dans le domaine des biomarqueurs, l'onco-hématologie, l'épidémiologie, les études vaccins, ...; > Co-auteur ou biostatisticien référent de plus de 30 publications scientifiques

MR St... M...

...

PEROUGES 01800 Fr

Expertise :

In the following industries:
Pharmaceutique, recherche clinique, recherche fondamentale, discovery studies

Fields of practice:
Biostatistiques, Programmation sur R et SAS, Datamanagement

Management teams your interventions may concern:
Others Others Others

Types of interventions:
Travail homebased, déplacements sur site si nécessaire

Training courses attended:
2010 : formation d’une semaine en morphométrie géométrique au Muséum National d’Histoire Naturelle de Paris.

Education:
2007: Master Sciences, Technologies et Santé à finalité professionnelle mention Approche Mathématique et Informatique du Vivant - spé Biostatistiques, option Epidémiologie - Lyon I.
2004 : Licence Mathématiques et Informatique du Vivant
2002 : Classe Prépa BCPST - Lycée du Parc, Lyon


Others

Led training courses:

Computer skills:
R, SAS, Excel, Word, PowerPoint, Access


Languages: Fr En 0

Some references:
Pr Mauricette Michallet, Dr Olaf Mercier, Dr Franck Nicolini

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Presentation

EXPERIENCES PROFESSIONNELLES


  • 2013-2018 : Consultant indépendant en biostatistiques
    • Poursuite des travaux avec le département Hématologie des Hospices Civils de Lyonet le Centre Léon Bérard(Lyon): consulting, analyses de données rétrospectives et d’essais cliniques, participation à l’écriture de publications scientifiques.
    • Formation pour Sanofi-Pasteur(Marcy l‘Etoile) au sein du département B2O(Biostatistiques, Bioinformatique et Omics) pour le compte d‘IVIDATA Stats.: accompagnement des techniciens et chercheurs des département sur le logiciel Graph Pad PRISM.
    • Analyses ancillaires pour l‘European Society of Cardiology pour le compte d‘IVIDATA Stats.
    • Consulting et expertise pour :
      • INSERM de Bordeaux, service Hématologie Clinique de l‘Hopital l‘Archet(Nice), Fi-LMC: analyses de cohortes de patients atteints de leucémie;
      • Hopital Marie Lannelongue et Avicienne :transplantation cardio-pulmonaire;
      • Autres prestations occasionnelles pour : Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL), INSERM de Lyon, INRA de Rennes, Laboratoire ETHOS (Université Rennes I), Hôpital Notre-Dame (Belgique), Ecole Vétérinaire de Marcy l’Etoile (Vetagro Sup, 69), EZUS Lyon (Université Lyon I)...


  • 2015 :Ingénieur d’études confirmé - cabinet d’études Soladis (Lyon).
8 mois en tant qu’ingénieur biostatisticien dont 2 mois avec diverses missions clients (statistiques industrielles, plans d'expériences, ...)


Mission de 6 mois chez Sanofi Pasteur (Lyon) :prise en charge des études vaccins (Dengue, grippe, méningite, coqueluche…) de phases 4 à différents niveaux, en relation avec le département R&D de SP.
Tâches et responsabilités :
  • Ecriture et/ou relecture des plans d’analyses statistiques (SAP) des futurs protocoles d’étude d’efficacy/effectiveness et de safety mandatées par les départements Epidémiologie, Pharmaco-épi et Global Medical Affairs ;
  • Contribution au développement des e-CRF ;
  • Reviewing des rapports intermédiaires et finaux fournis par les CRO locales ;
  • Vérification de la conformité des documents avec le SAP et les standards de Sanofi Pasteur (SOP) ;
  • Contribution à l’étude de bénéfice-risque du consortium européen ADVANCE ;
  • Support en biostatistiques sur les études du département Epidémiologie et analyses de bases de pharmacovigilance.


  • 2013-2015 : Biostatisticien au sein du Laboratoire Commun de Recherche (Unité Mixte HCL-bioMérieux) - Hôpital Edouard Herriot (HCL).
24 mois en tant queChargé d’étude dans le laboratoire co-dirigé par Guillaume Monneret (chef de service et professeur en immunologie, HCL), Julien Textoris (médecin réanimateur/anesthésiste/manager du LCR, bioMérieux) et Alain Lepape (médecin réanimateur, HCL).
Mission :recherche de biomarqueurs relatifs à l’immunité sur des patients de réanimation ayant un stress sévère.
Tâches et responsabilités :
  • Gestion des bases de données combinant les informations cliniques multicentriques, biologiques et génétiques/protéomiques (données ELISA, RT qPCR, etc…) de patients issus de soins intensifs, en collaboration avec les attachés de recherche des HCL. Ceci englobe une part de curation des données et de data-management.
  • Rédaction d’un rapport technique interne comparant les modèles de risques compétitifs (Cox et Fine & Gray) sur base de simulations pour le département Data Knowledge Laboratory de bioMérieux.
  • Mise en place et rédaction de stratégies d’analyses statistiques permettant d’évaluer les marqueurs mesurés à différents temps (timepoints) sur divers outcomescomme l’aggravation (défaillance d’organe, infection nosocomiale) et/ou sur la survie des patients. Ces stratégies varient en fonction du type d’analyses souhaitées (association, prédiction…).
  • Type d’analyses suggérées :
  • Analyses épidémiologiques descriptives et/ou comparatives (entre différents groupes d’individus ou outcomes)
  • Etude de stabilité de gènes constitutifs, dits aussi ‘de ménage’ (si analyses de biomarqueurs issus de données RT qPCR)
  • Analyses uni/multivariées, modèles logistiques ou temps-événements (régressions de Cox cause-spécifiques ou Fine & Gray principalement)
  • Le cas échéant, analyses de performances des modèles statistiques, cross-validation ou bootstrap,…
  • Présentations graphiques des résultats (« boîte à moustaches », courbes de survie ou d’incidence, etc.)
Note : Tous les scripts sous programmés sous Rstudio, suivant un process très strict permettant la reproduction des diverses manipulations et analyses produites
  • Rédaction de rapports et interprétations des résultats biologiques en collaboration avec les chefs de projets et médecins spécialistes.
  • Co-responsabilité (avec les chefs de projet et manager du LCR) des modalités de communication de ces données et de la divulgation des résultats.
  • Co-écriture de publications scientifiques.
  • Participation à des réunions bimensuelles d’échange avec les biostatisticiens et bioinformaticiens.
  • Analyses statistiques ‘intra-LCR’ afin d’améliorer les processus techniques d’analyses de biomarqueurs.
  • Veille bibliographique d’articles statistiques/biostatistiques et des nouveaux packages R.



  • 2009-2013 : Biostatisticien au sein de l’Unité de Recherche Clinique du service Hématologie Centre Hospitalier Lyon Sud (HCL).
Statut d’Attaché de Recherche Clinique (ARC)*, dans le service du Pr Michallet (Hématologue, HCL).
Mission :Responsable des données cliniques de patients suivis par l’URC d’Hématologie et des analyses biostatistiques sur des études monocentriques (Lyon) et multicentriques.
Tâches et responsabilités :
  • Analyses statistiques de survie, d’incidence de rechute de patients sur données rétrospectives : études de l’impact de traitements, de stratégies degreffe (par exemple les interactions donneurs/receveurs, type de greffon…) sur des cohortes de patients leucémiques plus ou moins spécifiques.
  • Biostatisticien référent pour l'élaboration de protocoles d’essais cliniques (phase II ou III) : calculs d’effectifs, rédaction de plans d’analyses, propositions d’analyses statistiques sur l’efficacité/toxicité, etc.
  • Valorisation des résultats (participation aux publications, posters, abstracts…).
  • Veille de la base de données de patients suivis par le service et de la plateforme web permettant leur screening par les attachés de recherche.
  • Création avec Microsoft Access d’un outil de gestion du calendrier de greffes de patients permettant à travers différents formulaires (i) un suivi de la recherche de donneurs (ii) le calcul des dates d’administration de molécules en fonction des protocoles de greffe définis par les médecins (iii) la création d’un planning de greffe hebdomadaire.
  • En coopération directe avec les médecins/spécialistes, thésards, internes, ARC et data-manager.



  • 2007-2008 :Assistant chef de rédaction au sein de la société AINA Media - Suresnes (92).


  • Autres collaborations et prestations à titre indépendant
  • 2008 à aujourd'hui : Collaborationà une thèsesur les Liens entre posture et comportement sur le modèle du cheval, enpartenariat avec le Laboratoire Ethos à l’Université Rennes I.
  • Mise au point d’un protocole d’étude sur le modèle cheval à partir d’une méthodologie basée sur l’analyse de formes (morphométrie géométrique);
  • Programmation de fonctions sous R permettant d’analyser les données issues du logiciel TPS: lectures de fichiers TPS, représentations graphiques des déformations, analyses en composantes principales, corrélations avec différents paramètres…



COMPÉTENCES ET FORMATIONS


Compétences en (bio)statistiques


Domaines d’étude :
  • écologie et biologie des populations, éthologie, médecine vétérinaire, onco-hématologie, immunologie/virologie et sepsis, patients de réanimation (trauma, brûlés, chocs septiques), transcripto-/protéomique, pharmacovigilance/études post-marketing…
  • études cliniques de phases II à IV : plan d'analyses statistiques, écriture des protocoles, support au data-management (CRF) veille des bases de données



Statistiques/biostatistiques
  • tests non-paramétriques et paramétriques usuels
  • modèles linéaires généralisés et mixtes (regression logistiques et polytomiques, Poisson, linéaires, gamma), modèles polynomiaux, analyse de variances, test post-hoc (Tukey, Scheffe…)
  • modèles temps-événements et risques compétitifs : Cox, Cox cause-spécifiques, Fine & Gray et modèles multi-états.
  • statistiques multivariées : analyses en composantes principales (ACP) et multiples (ACM), analyses factorielles de correspondances (AFC) et de données mixtes (AFDM), analyses procustéennes généralisées (AGP), connaissances théoriques en PLS.
  • analyse de performances (AUC, courbes ROC, etc.)
  • cross-validation, bootstrap, élaboration de modèles pronostics (critères d’AIC, Lasso, test de Goeman…)
  • analyses ascendantes hiérarchiques, clustering…
  • comparaisons multiples, correction de p-value
  • connaissances en analyses de données de puce ARN, micro-arrays, etc…
  • autres connaissances : analyses de séries temporelles, capture-marquage-recapture, détection de signaux (pharmaco-vigilance)…
Logiciel R/Rstudio
  • utilisation depuis 2004 pour calculs, analyses et modélisations stats;
  • création de fonctions personnalisées;
  • manipulation de bases de données;
  • librairies couramment utilisées : ade4 (analyses multivariées), geomorph et shapes (analyses procustéennes et morphométriques), ggplot2 et gtable (graphiques), lme4 (modèles linéaires généralisés mixtes), survival (analyse de survie), cmprsk (risques compétitifs), mstate et msm (modèles multi-états).
SAS 9.4
  • commandes (procédures) de bases et de modélisations (,
  • programmation macros, graphiques et reporting
  • mise au point de plans d‘expérience

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